Fu la fondazione della Provincia Elvetica dei Cappuccini, nel 1589, a dare origine al convento di San Francesco a Faido.
A causa della grande distanza che separava i conventi milanesi e quello di Altdorf (1581), i Frati necessitavano di un luogo di sosta prima di valicare il San Gottardo. Perciò su istanza dei Signori Svizzeri che governavano allora la Valle Leventina, il 30 luglio 1602 il Provinciale di Milano si recò a Faido a trattare con il Governo e i Deputati locali.
Fu tuttavia solo il 3 giugno 1607 che venne posta la prima pietra di chiesa e convento. La costruzione venne terminata nel 1612, mentre due religiosi già risiedevano a Faido: padre Cleto da Castelletto e padre Bernardino da Desio.
La chiesa dedicata a San Francesco, fu consacrata da mons. Francesco Maria Abiati, ordinario di Bobbio, il 19 settembre del 1621.
La biblioteca venne edificata sul lato che dà verso l'orto e fu ricostruita da padre Filippo Albertini da Airolo nel 1781. Nel 1786, alla tradizionale forma del quadrilatero, tipica dei conventi cappuccini, sul lato del coro venne aggiunta un'ala che fu trasformata nel XIX secolo in Seminario Serafico.
Ristrutturato tra il 1947 e il 1948, il Seminario venne ampliato nel 1960-1961 e denominato a partire dal 1965 Ginnasio dei Cappuccini. Esso venne chiuso nel 1972, mentre lo stabile subirà lavori di ristrutturazione nel 1987 e verrà utilizzato come Ostello.
Nel 1994, anche il pianterreno del convento e la chiesa sono stati rinnovati.
I Frati assicurano la cura pastorale delle parrocchie della Media Valle Leventina (Calpiogna, Primadengo e Rossura dal 1958; Osco e Mairengo dal 1971; Faido dal 1974; Campello, Molare e Carì dal 1990), nonché da sempre dell'Ospedale Santa Croce e del Distrettuale di Faido.

Nel 2007-08 i Frati hanno organizzato una serie di celebrazioni per ricordare i 400 anni dalla fondazione.
Maggiori informazioni si possono trovare qui.

Ostelli della gioventù in Svizzera:

www.kick2000.ch  (in tedesco)